Die Serie erklärt die Zeit vor der Serie mit Richard Dean Anderson. Der sich in seinen 20ern befindliche Angus MacGyver wird in eine geheimdienstliche Organisation rekrutiert.
Nachdem seine Freundin Nikki bei einem Einsatz am Comer See getötet wurde, hat sich MacGyver fürs Erste aus dem Dienst zurückgezogen. Doch als Wissenschaftler einer Forschungsstation auf Grönland mit einem prähistorischen Virus getötet werden, beruft ihn seine Chefin Patricia Thornton zurück: Der Vorfall hängt mit dem Einsatz am Comer See zusammen.
Die venezolanische Regierung hat die US-Spionin Sarah Adler gefasst. Adler sollte den Waffenhändler Alfredo Barrios beschatten und ihre Informationen an die CIA weitergeben – doch kurz zuvor wurde sie festgesetzt.
Mac und die Phoenix Foundation sollen die Terrorgruppe D 77 stoppen, die Anschläge auf US-Regierungsgebäude verübt. Deren Offshore-Konten führen Mac und Dalton zu dem flüchtigen Hedgefonds-Manager Ralph „Golden Boy“ Kastrati, der die Gelder der Terroristen verwaltet.
Eine Agentin teilt Thornton mit, dass sie den abtrünnigen russischen General Sevchenko gefunden hat, welcher einen Putsch gegen die Regierung in Moskau plant. Um diesem Nachdruck zu verleihen, hat er sich eine alte Sowjet-Atombombe beschafft.
Mac und Jack sollen nach Berlin reisen, um sich mit Katarina Wagner zu unterhalten. Sie hat Informationen darüber, dass ihr Chef mit Feinden Amerikas Waffenhandel betreibt.
Mac soll in New York eine Bombe entschärfen. Diese trägt die Handschrift des Geists, eines Bombenbauers, der weltweit Angst und Schrecken verbreitet.
Weil seine Leute seit seiner Verhaftung Bundesagenten und Polizisten niedermetzeln, soll Mac dem Kartell-Boss Joaquin „El Noche“ Sancola zur Flucht aus einem Hochsicherheitsgefängnis verhelfen. El Noche soll sie zu seinem Geheimversteck führen und Phoenix kann das Kartell ausheben.
Team Phoenix soll einen Auftragskiller jagen, der bereits mehrere hochranginge Persönlichkeiten getötet hat – und dessen Identität unbekannt ist. Der CIA ist er lediglich unter seinem Aktenzeichen S-218 bekannt.
Das Team reist nach Riga, um Janis, den Anführer einer lettischen Terrororganisation, dingfest zu machen. Leider läuft die Aktion nicht wie geplant, und schon bald sind Janis’ Kumpel hinter Mac & Co.
Mac, Jack, Riley und Bozer fahren in Macs alte Heimat, denn Mac soll in seiner ehemaligen Highschool einen Vortrag halten. Kurz nach seiner Präsentation wird die clevere Valerie Lawson vor Macs Augen entführt.
Der amtierende US-Präsident hat grünes Licht für Cyber-Angriffe auf China gegeben. Im Gegenzug setzt China U-Boote mit Atomraketen in Richtung USA in Marsch.
Jacks Ex Sarah behauptet, dass sie Nikki aufgespürt hat und weiß, wie das Team sie schnappen kann. Tatsächlich taucht Nikki in einer Kirche auf und lässt sich beinahe mühelos festnehmen.
Jack und Mac schnappen in Kasachstan den gesuchten Kriegsverbrecher Victor. Doch als sie mit ihm das Land verlassen wollen, wird ihr Helikopter unter Beschuss genommen und stürzt mitten im Nirgendwo ab.
Der Prototyp einer Gesichtserkennungs-Software, hat einen vom FBI gesuchten Verbrecher gefunden: Douglas Bishop. Er hat eine Agentin getötet, seither steht er auf der Fahndungsliste.
Vanessa Frank und ihr Freund Daniel Lee werden in San Francisco von einem maskierten Mann erschossen. Die Tat gleicht den Morden des Zodiac-Killers, der in den 1960er Jahren sein Unwesen in San Francisco trieb und nie gefasst wurde.
Mac und Jack sollen Aaron Deckard fassen, der dem armenischen Verbrechersyndikat angehört und dort für das Verschwinden von Leichen sorgt. Er wurde vor vier Tagen bei einer Verkehrskontrolle festgenommen, aus Mangel an Beweisen aber bald wieder freigelassen.
Eine niederländische Parlamentarierin steht im Verdacht, Staatsgeheimnisse an Terroristen weiterzugeben. Die Übergabe soll in Amsterdam stattfinden, Mac und sein Team überwachen die Aktion vor Ort.
Mac und sein Team sind auf der Rückreise einer anstrengenden Mission, doch Matty leitet ihr Flugzeug nach Hawaii um, wo es ein schweres Erdbeben gab. Als Mac und Jack bei der Bergung von Wissenschaftlern aus einem einsturzgefährdeten Gebäude helfen wollen, lernen sie Kono und Chin von Five-0 kennen.
Macs ehemalige Studienkollegin Frankie ist bei einem Brand in ihrem Labor ums Leben gekommen. Gemeinsam mit Jack lässt es sich Mac nicht nehmen, an den Trauerfeierlichkeiten teilzunehmen.
Phoenix bekommt den Hinweis, dass eine Terrororganisation namens Omnus einen Mann mit dem Codenamen „Der Architekt“ töten will. Als Killer haben sie Murdoc angeheuert – nicht wissend, dass er inhaftiert ist.
Murdoc ist es gelungen, mit einem Trick einen seiner Leute bei Phoenix einzuschleusen. Der befreit Daniel Holt und zusammen bringen sie das gesamte Gebäude in ihre Gewalt.
Die Serie erklärt die Zeit vor der Serie mit Richard Dean Anderson. Der sich in seinen 20ern befindliche Angus MacGyver wird in eine geheimdienstliche Organisation rekrutiert. Dort setzt er seine Gewitztheit und seine Improvisationsgabe dazu ein, lokale Probleme zu lösen und dabei zu helfen, die Entstehung von Katastrophen zu verhindern.
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